Voici comment partager les clés ssh de votre PC hôte windows avec ses machines virtuelles.
Il suppose que notre PC hôte dispose déja d'une ou plusieurs clés ssh configurées que nous voulons utiliser depuis nos machine virtuelles. Si ce n'est pas le cas voir l'article "Gérer plusieurs clés ssh pour gitlab et github".

Avec Vagrant

la commande vagrant ssh permet de commander une VM tout en transferant les clés ssh de la machine hôte vers cette VM.
Pour cela les clés doivent être chargé dans le ssh-agent au démarrage de la session bash avant de lancer la connexion.
Pour cela taper les commandes suivantes :

$eval `ssh-agent`
$ssh-add ~/.ssh/github_rsa
$ssh-add ~/.ssh/gitlab_rsa

Verifier qu'elles sont bien chargées :

$ssh-add -l

Puis seulement ensuite lancer la connexion :

vagrant ssh
 

Avec Pageant

Le principe est simple : nous allons permettre à Putty de transférer nos clés ssh vers la vm par le biais de sa connexion.
Commençons par installer la suite de programmes Putty puis partageons les clés :

1. Ouvrir puttygen.exe (inside C:\Program Files\PuTTY).
2. Selectionner "Conversions > Import key".
3. dans la section 'Actions', cliquer "Save private key".
4. dans la boîte de dialogue, sauvegarder le fichier id_rsa.ppk avec comme type "PuTTY Private Key Files (*.ppk)".
5. fermer puttygen.exe.
6. Ouvrir pageant.exe ( qui apparait dans la barre des tâches).
7. clic droit sur l'icone Pageant dans la barre des tâches, et choisir 'Add key', naviguer et choisir la clé précédement convertie id_rsa.ppk.
8. Voir si besoin ce guide pour démarrer pageant.exe au démarrage de windows.

Démarrer votre vm et lancer une connexion avec putty. tester le transfert de clé avec la commande :

ssh-add -l

ceci doit afficher vos clés du genre :
2048 d4:e5:39:e1:bf:6f:e5:26:14:6b:26:73:4e:b4:53:85 /home/user/.ssh/id_rsa_home (RSA)
2048 7a:32:06:3f:3d:6c:f5:a1:d4:55:13:64:a4:5d:1d:65 /home/user/.ssh/id_rsa_work (RSA)

Et voilà vous pouvez maintenant contrôler votre vm avec putty qui transferera vos clés ssh lors de vos commandes git.